| Oberliga Bayern 1999/00 |
| 1. | Jahn Regensburg (N) * | 34 | 85:38 | 74 |
| 2. | SpVgg Stegaurach | 34 | 80:48 | 63 |
| 3. | 1.SC Feucht | 34 | 60:37 | 63 |
| 4. | Bayern Hof | 34 | 70:32 | 60 |
| 5. | 1.FC Nürnberg A | 34 | 60:44 | 53 |
| 6. | SpVgg Weiden | 34 | 45:35 | 51 |
| 7. | TSV Aindling | 34 | 50:47 | 51 |
| 8. | Jahn Forchheim | 34 | 56:60 | 48 |
| 9. | SC Schwabach | 34 | 46:41 | 45 |
| 10. | SpVgg Ansbach (N) | 34 | 58:57 | 44 |
| 11. | FC Starnberg | 34 | 49:50 | 43 |
| 12. | FC Memmingen | 34 | 50:52 | 43 |
| 13. | FV Würzburg 04 (N) | 34 | 65:75 | 43 |
| 14. | Schwaben Augsburg | 34 | 48:74 | 42 |
| 15. | FC Kempten (N) | 34 | 34:66 | 39 |
| 16. | SpVgg Landshut | 34 | 56:55 | 38 |
| 17. | SC Weismain (A) | 34 | 42:70 | 32 |
| 18. | 1.FC Passau | 34 | 28:101 | 15 |
Jahn Forchheim steigt freiwillig ab.
Aufsteiger: 1.FC Sand, ASV Neumarkt, FC Ismaning, MTV Ingolstadt
Aus der Regionalliga: FC Augsburg, SG Quelle Fürth, SV Lohhof
* Die Fußballabteilung des SSV Jahn 1889 Regensburg wird als SSV Jahn 2000 Regensburg selbständig.